日本位于亚洲大陆以东，是太平洋上一个呈弧形的岛国。其领土由本州、北海道、九州和四国四个大岛组成（按从大到小的顺序），此外还包括众多较小的岛屿。太平洋位于日本以东，日本海和东中国海将日本与亚洲大陆分割开来。

　　日本与地中海以及北美的洛杉矶市大致处于同一纬度；而巴黎和伦敦的纬度则略高于北海道北端。日本的总面积约为378,000平方公里，与德国、芬兰、越南和马来西亚大致相同。其面积仅相当于美国的1/25，小于加利福尼亚州。

　　日本的海岸线各具特色，在一些地方，如千叶县的九十九里滨，长长的沙质海滩几乎呈一条直线，绵延伸展足有60公里；而长崎县的海岸则以半岛、水湾和近海岛屿为特征，如五岛群岛、对马岛和壹岐岛，都位于该县境内。由于地壳的运动，以前的部分海岸线被海水所淹没，形成众多的水湾和峭壁，使得这一地区的海岸崎岖不平。

　　一股称为黑潮(Kuroshio)（或日本海流）的暖流沿日本群岛南部向东北方向流动，它的支流—对马海流沿日本西海岸流入日本海。另一股称为亲潮(Oyashio)（或千岛海流）的寒流则沿日本东海岸从北向南流动，它的支流—利曼海流从北面流入日本海。暖流和寒流的交汇造就了日本近海水域丰富的渔业资源。

温泉与美景云集之地

　　日本的国土约有四分之三为山体所覆盖。本州中部地区被称为“日本屋脊”，许多山脉的海拔超过3,000米。

　　位于山梨县和静冈县的交界处的富士山，海拔3,776米，是日本海拔最高的山。

　　山梨县境内的北岳，海拔3,193米，是日本的第二大高峰。

　　位于长野县和岐阜县境内的奥穗高岳海拔3,190米，横跨山梨县及静冈县的间之岳海拔同为3,190米，并列成为第三高峰。

　　由于地处环太平洋火山带，日本从最北端到最南端有多个火山区—通常认为有7个。在所有的火山中，约有110座为活火山，其中包括伊豆大岛上的三原山，长野县和群马县交界处的浅间山，以及熊本县境内的阿苏山。尽管日本仅占世界陆地面积的1/400，但在全球1,500座左右的活火山中，日本几乎占了1/10。

　　尽管火山会因其大规模的喷发而造成巨大的危害，但同时也创造出大量的旅游资源。例如，日光、箱根和伊豆半岛等一系列旅游胜地便以其温泉和诱人的火山美景而闻名遐尔。

　　正如所有这些火山所验证的那样，日本群岛下面的地壳极不稳定，蕴涵着极其丰富的能量。因此，日本是最易遭受地震灾害的国家之一。日本每年发生有震感的地震1,000次之多。1995年1月的阪神大地震造成超过6,000人死亡，40,000多人受伤，200,000余人无家可归。2004年10月发生在新潟县的地震又使60人死于非命、4,800人受伤。2011年3月，一场里氏9级大地震发生在日本东北地区的太平洋三陆海域，随之而来的海啸袭卷了东北至关东大片沿海，有些地方的海啸巨浪约达10米，死亡及失踪人数近18,000人。

湍急的河流

　　山峦叠嶂的日本河流密布。绝大多数河流水流湍急，河水在流出山谷和盆地之后不久即汇入大海。黑部川便是河川径流“湍急”的极好证明，该河从其源头—海拔2,900米高的日本阿尔卑斯山奔流而下，仅流经85公里便汇入日本海。

　　日本最长的河流是信浓川，它从中部地区的山地出发，穿过新潟县，一路奔腾367公里，到达日本海。

　　利根川是第二大河流，它流经关东平原融入太平洋。第三大河流是北海道的石狩川，全长约268公里。

　　从高山奔流而下的众多河流对日本地形地貌的塑造起了很大的作用，缔造了大大小小的山谷和盆地，在河流入海口附近形成了扇形的三角洲。日本的大多数平原面积都很小。最大的是关东平原，包括部分枥木、茨城、群马、埼玉、千叶、东京和神奈川等县市。其他相对较大的平原地区有越后平原（位于新潟县）、石狩川平原（位于北海道），以及浓尾平原（位于爱知和岐阜两县境内）。