巴西利亚大学从建校之初就采用美国办学模式，取消传统讲座；以学院建制取代系建制，在录取新生时除入学考试、考核学生能力之外，还参考中学时的基础课成绩。巴西利亚大学设有20个学院，66个科系，在校生近2万名。
院系设置：
传播学院、建筑暨都市计划学院、医科学院、生物科学学院、农业经济暨兽医学院、法律学院、教育学院、体育学院、工科学院、艺术学院、应用社会研究学院、理科学院、人文科学学院、政治学暨国际关系学院、社会科学学院、地质科学学院、文学院、心理学院、物理学院、化学学院等。
